Penerbangan 653 berlepas dari Lapangan Terbang Antarabangsa Bayan Lepas Landasan 22 pada pukul 1921 GMT+8 ke Lapangan Terbang Antarabangsa Subang (sekarang dikenali sebagai Lapangan Terbang Sultan Abdul Aziz Shah).[4] Penumpang termasuk Menteri Pertanian Malaysia, Dato' Ali Haji Ahmad;Pengarah Jabatan Kerja Raya Dato' Mahfuz Khalid; dan Duta Besar Cuba ke Malaysia.[1][5] Juruterbang pesawat tersebut ialah Kapten G.K. Ganjoor. Juruterbang pesawat itu adalah Pegawai Pertama Karamuzaman Jali.

Pada jam 19:54, ketika pada altitud 4,000 kaki di atas Batu Arang dan menurun menuju landasan 33, Kapten G.K. Ganjoor melaporkan kehadiran "Perampas yang tidak dikenali" ke Menara Subang. Pihak Lapangan Terbang menerima laporan tersebut dan seterusnya membuat persiapan kecemasan di Lapangan Terbang Subang.

Beberapa minit kemudian, Kapten Ganjoor berkata melalui radio: "We're now proceeding to Singapore..." ("Kami kini menuju ke Singapura..."). Namun Pesawat MH653 tidak mendarat di Singapura.[7]

Pada jam 20:15,Kesemua hubungan komunikasi dengan Penerbangan MH653 telah terputus.

Pada Jam 20:36, Penduduk Kampong Ladang, Tanjong Kupang, Johor melaporkan bahawa mereka terdengar bunyi letupan dan melihat bangkai pesawat yang terbakar di kawasan paya. Bangkai pesawat tersebut akhirnya dikenalpasti sebagai pesawat MH653. Pesawat tersebut melanggar bumi pada kelajuan yang tinggi pada sudut hampir menegak. Tiada seorang pun daripada kesemua 93 penumpang dan 7 anak kapal yang berada di dalam pesawat tersebut terselamat.